従業員が入社・退社するたびに必ず発生するのが、住民税の徴収方法に関する手続きです。入社時には「特別徴収への切替申請」、退社時には「給与所得者異動届出書」の提出が必要となります。これらを怠ると、従業員の住民税の徴収に支障が生じ、トラブルにつながることがあります。本記事では、freeeを活用してこれらの手続きを正確に行う方法を解説します。
この記事の監修
社会保険労務士法人とうかい
社会保険労務士 小栗多喜子
これまで給与計算の部門でマネージャー職を担当。チームメンバーとともに常時顧問先450社以上の業務支援を行ってきた。加えて、chatworkやzoomを介し、労務のお悩み解決を迅速・きめ細やかにフォローアップ。
現在はその経験をいかして、社会保険労務士法人とうかいグループの採用・人材教育など、組織の成長に向けた人づくりを専任で担当。そのほかメディア、外部・内部のセミナー等で、スポットワーカーや社会保険の適用拡大など変わる人事労務の情報について広く発信している。
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特別徴収・普通徴収の違い
住民税の納付方法には「特別徴収」と「普通徴収」の2種類があります。
| 項目 | 特別徴収 | 普通徴収 |
|---|---|---|
| 納付主体 | 会社（給与から天引き） | 従業員本人 |
| 納付回数 | 毎月（6月〜翌5月の12回） | 年4回（6・8・10・1月） |
| 主な対象 | 給与所得者 | 自営業者、フリーランス等 |
原則として給与所得者は特別徴収が義務付けられています。入社時は特別徴収への切替手続き、退社時は特別徴収から普通徴収（または次の勤務先の特別徴収）への切替手続きが必要です。
入社時の「特別徴収切替申請」の流れ
新たに従業員が入社した場合、以下の流れで住民税の特別徴収を開始します。
- 従業員から「住民税の現在の課税状況」を確認する（普通徴収か、前職の特別徴収か）
- 普通徴収で支払っている場合は「特別徴収への切替申請書」を作成し、市区町村へ提出する
- 前職の特別徴収を引き継ぐ場合は「特別徴収義務者の変更届」が必要となる
- 市区町村から「特別徴収税額の通知書」が届いたら、毎月の給与計算に反映する
なお、1月1日以降に入社した場合、当年6月までの住民税は普通徴収のまま継続するケースがあります。
freeeで切替届を作成する手順
freeeを使って住民税の切替届関連書類を作成する手順は以下のとおりです。
- freeeの管理画面から「手続き」または「住民税」関連のメニューを開きます（※メニュー名は要確認）
- 対象従業員を選択し、「特別徴収切替申請書」の作成を開始します（※操作名は要確認）
- 従業員の住所地の市区町村情報、入社日、前職の特別徴収の有無などを入力します
- 書類をPDFで出力し、対象市区町村へ郵送または電子申告（eLTAX）で提出します（※電子申告の可否は要確認）
- freeeの従業員情報に住民税の特別徴収開始月・月額を登録します
ポイント： 市区町村によって書類の様式や提出先が異なる場合があります。愛知県内の各市区町村のルールを事前に確認しておきましょう。
退職時の「給与所得者異動届出書」の流れ
従業員が退職した場合、特別徴収を停止し、残りの住民税の取り扱いを決める手続きが必要です。
- 退職日を確認し、残りの住民税額（未徴収分）を把握する
- 退職後の住民税の取り扱い（一括徴収・普通徴収への切替・転職先での特別徴収継続）を決定する
- 「給与所得者異動届出書」を作成し、退職後すみやかに市区町村へ提出する（原則として退職翌月10日まで）
- 一括徴収を選択した場合は、最後の給与または退職金から残額を差し引く
freeeで異動届を作成する手順
- freeeの管理画面から退職処理を行い、退職日・退職理由を登録します（※操作方法は要確認）
- 住民税の「異動届」作成メニューを開きます（※メニュー名は要確認）
- 退職後の住民税の取り扱い（一括徴収・普通徴収切替・転職先継続）を選択します
- 必要事項を入力のうえ、書類をPDF出力します
- 対象市区町村へ郵送または電子申告で提出します（※提出方法は市区町村による）
よくあるミスと注意点
5月末退職と6月以降退職で取り扱いが異なる
住民税の特別徴収は6月から翌年5月の1年間が1サイクルです。この時期によって残額の取り扱いが変わります。
- 1月〜4月退職：残りの住民税（退職月の翌月分〜5月分）が多く残るため、一括徴収することが多い。ただし、退職者が拒否した場合は普通徴収に切り替える
- 5月退職：残額が翌月（6月）の1ヶ月分のみのため、一括徴収しやすい
- 6月以降退職：新年度の住民税がスタートした直後のため、残額が多くなる。本人の意思確認が重要
転職先がある場合の手続き
退職者が転職先に就職する場合、転職先の会社が特別徴収を引き継ぐことができます。その場合は「特別徴収義務者の変更届」を活用します。
よくある質問（FAQ）
Q1. 入社してすぐに住民税の特別徴収は始まりますか？
入社後すぐに特別徴収が開始されるわけではありません。切替申請後、市区町村から新しい特別徴収税額通知書が届いてから徴収が始まります。通知が届くまでの間は、従業員が普通徴収で納付を継続します。
Q2. 退職者への住民税の一括徴収は義務ですか？
一括徴収は、退職日が1月1日から4月30日の場合で、かつ退職者が同意している場合に行います。退職者が希望しない場合は普通徴収に切り替えることができます。5月31日以降に退職する場合、一括徴収は原則として行いません。
Q3. freeeで住民税の手続きができない市区町村はありますか？
freeeから電子申告（eLTAX）に対応している市区町村であれば電子申告が可能ですが、対応状況は市区町村によって異なります。対応していない場合は、書類を印刷して郵送または窓口提出が必要です。詳細はfreeeのサポートページまたは各市区町村窓口にご確認ください。
住民税の手続きでお困りならとうかいへ
入退社のたびに発生する住民税の切替手続きは、タイミングを誤るとトラブルにつながります。freeeの操作方法がわからない、自社でやる工数が取れないというご担当者様は、社会保険労務士法人とうかいにご相談ください。
愛知県（名古屋市周辺）を中心に、freee連携による給与計算代行・社会保険手続き代行を承っています。手続きが不安な方はとうかいへ、お気軽にお問い合わせください。
