freeeで年末調整を行う手順【担当者向け完全ガイド・書類作成から提出まで】

毎年11月から12月にかけて、給与担当者にとって最大の山場となるのが年末調整です。従業員への書類配布、回答の収集・確認、税額計算、源泉徴収票の発行、さらに市区町村・税務署への提出と、作業は多岐にわたります。freeeの年末調整機能を活用すれば、これら一連の業務をシステム上で完結させることが可能です。本記事では、freeeを使った年末調整の全手順をSTEP形式でわかりやすく解説します。

freeeの年末調整機能でできること

freeeの年末調整機能では、以下の業務をまとめて管理できます。

紙ベースで行っていた年末調整をデジタル化することで、作業時間の大幅な短縮とミスの削減が期待できます。

STEP1：従業員への年末調整アンケート送付

年末調整の第一歩は、従業員への申告内容の確認依頼です。

1. freeeの管理画面から「年末調整」メニューを開きます
2. 対象年度を選択し、「アンケートを送付する」または同等のボタンをクリックします
3. 送付対象の従業員を選択し、送付日・回答期限を設定します
4. 送付内容（配偶者控除、扶養控除、生命保険料控除など）を確認のうえ、送付を実行します
5. 従業員はfreeeの従業員向け画面（またはスマートフォンアプリ）にログインし、案内に沿って必要事項を入力します

ポイント： アンケートの回答期限は余裕を持って設定しましょう。12月初旬を目安に、11月中旬には送付を完了させておくと安心です。

STEP2：回答内容の確認・修正

従業員から回答が届いたら、内容を確認します。

注意点： 配偶者控除・配偶者特別控除の適用可否は年収見積額で判定します。従業員が年収を正確に把握していないケースもあるため、不明な場合は個別に確認が必要です。

STEP3：年末調整計算・過不足額の確認

回答内容をもとに、freeeが年末調整の税額計算を自動で行います。

ポイント： 過不足額は12月分給与または1月分給与で精算するのが一般的です。自社のルールに合わせて設定してください。

STEP4：源泉徴収票の作成・発行

年末調整計算が完了したら、源泉徴収票を作成・発行します。

注意点： 源泉徴収票の内容（氏名・住所・控除額など）に誤りがないか、発行前に必ず確認してください。

STEP5：法定調書・給与支払報告書の提出

年末調整の最終工程は、行政機関への書類提出です。

1. 給与支払報告書（市区町村へ）：翌年1月31日までに、従業員の住所地の市区町村へ提出します。freeeから出力した給与支払報告書を電子申告（eLTAX）または郵送で提出します
2. 法定調書合計表（税務署へ）：翌年1月31日までに所轄税務署へ提出します
3. 源泉徴収票（税務署提出分）：年収500万円超の役員など、一定の要件に該当する従業員分は税務署への提出が必要です

スケジュール・期限一覧表

時期	作業内容
11月中旬	従業員へアンケート送付
11月末〜12月初旬	回答の回収・確認・修正
12月中旬	年末調整計算・過不足額確認
12月給与 または 1月給与	過不足額の精算
翌年1月初旬	源泉徴収票の発行・交付
翌年1月31日まで	給与支払報告書・法定調書の提出

よくある質問（FAQ）

Q1. freeeの年末調整機能を使うには別途申し込みが必要ですか？

freeeのプランによって年末調整機能の利用条件が異なります。お使いのプランで年末調整機能が含まれているか、freeeのサポートページまたは契約内容をご確認ください。

Q2. 中途入社の従業員がいる場合、前職の源泉徴収票はどう扱いますか？

中途入社の従業員については、前職の源泉徴収票を提出してもらい、前職の給与・徴収税額をfreeeに入力する必要があります。入力箇所は「前職情報」等の項目をご確認ください

Q3. 年末調整を自社でやらず、社労士や税理士に依頼することはできますか？

可能です。freeeのデータへの閲覧・操作権限を外部の士業に付与することで、アウトソーシングが可能です。社会保険労務士法人とうかいでも、freee連携による年末調整代行を承っています。

Q4. 年末調整後に従業員から修正申告が必要になった場合は？

年末調整後に控除証明書の添付漏れなどが判明した場合、翌年2月16日から3月15日の確定申告期間中に従業員自身が確定申告で精算することができます。freee側での再計算が必要なケースは社労士・税理士にご相談ください。

年末調整の手続きに不安があればとうかいへ