正社員の欠勤控除とは？給与計算の方法と違法にならないルールを解説

正社員の欠勤控除とは、従業員が自己都合などで会社を休んだ際、その分の給与を差し引くことです。 この処理は労働契約の基本原則に基づくものですが、適切な給与計算を行うためには、正しい計算方法や法的なルールを理解しておく必要があります。
就業規則で控除の範囲や計算方法を明確に定め、従業員とのトラブルを未然に防ぐための適切な運用が求められます。

そもそも正社員の欠勤控除とは？労働の基本原則を解説

根拠は賃金支払いの基本「ノーワーク・ノーペイの原則」

欠勤控除の直接的な根拠は「ノーワーク・ノーペイの原則」です。これは、労働契約において労働者が労務を提供しない場合、使用者はその部分に対応する賃金を支払う義務を負わないという考え方です。つまり、従業員が休んで働かなかった時間については、給与が支払われなくてもよい、すなわち無給とするのが原則となります。
この原則は、労働基準法第24条の「賃金全額払いの原則」を前提としつつ、労務が提供されない場合に賃金支払い義務がないことを示すものとして理解されており、民法第624条を法的根拠としているとされています。
ただし、この原則を適用するには、就業規則等で欠勤控除に関する具体的な計算方法やルールを定めておくことが不可欠です。

欠勤控除が適用されるケース・されないケース

欠勤控除が適用されるのは、主に労働の提供がなかった自己都合による欠勤、遅刻、早退などです。 これらはノーワーク・ノーペイの原則に基づき、働かなかった時間分の賃金が控除の対象となります。 一方、控除が適用されない代表的なケースが、年次有給休暇の取得です。 有給休暇は法律で認められた労働者の権利であり、休暇を取得しても出勤したものとみなされ、賃金が支払われるため控除は発生しません。
その他、産前産後休業や育児・介護休業、業務上の災害による休業（労災保険から給付あり）なども、法律や制度に基づいて休みが保障されているため、欠勤控除の対象とはなりません。

【3ステップで簡単】正社員の欠勤控除額の計算方法

ステップ1：控除の対象となる月給額を確認する

欠勤控除の計算を始める最初のステップは、控除の対象となる賃金の範囲を正確に把握することです。 月給制の正社員の場合、基本給だけでなく、役職手当や資格手当といった各種手当も控除の対象に含めるか否かを決定する必要があります。
どの手当を計算の基礎に含めるかについては、法的な決まりはなく、会社の就業規則の定めに従います。 一般的に、通勤手当のように実費弁償的な性質を持つ手当は対象外とし、基本給や職務に関連する手当を対象とすることが多いです。
この範囲が曖昧だと計算の前提が崩れてしまうため、給与規程などで具体的に明記しておくことが不可欠です。

ステップ2：1日あたりの賃金額を算出する2つのパターン

控除対象の月給額が確定したら、次に欠勤1日あたりの賃金額を算出します。 この算出方法には主に2つのパターンがあり、どちらを採用するかは会社が就業規則で定めます。 重要なのは、ここで算出する金額が、労働基準法で定められている休業手当の計算などに用いる「平均賃金」とは異なる概念である点です。
平均賃金は過去3ヶ月間の賃金総額を基に計算しますが、欠勤控除の場合は当月の給与を基に計算するのが一般的です。 どちらのパターンを選択するかによって月々の控除額が変動する可能性があるため、自社の運用ルールを正確に理解しておく必要があります。

パターン①：該当月の所定労働日数で割る方法

最もシンプルな計算方法が、控除対象の月給額を「その月の所定労働日数」で割る方法です。
例えば、月給30万円で、ある月の所定労働日数が20日の場合、1日あたりの賃金は1万5,000円となります。 この方法のデメリットは、月によって控除額が変動する点です。 所定労働日数が少ない2月（例：20日）と多い5月（例：22日）では1日あたりの単価が異なり、同じ1日の欠勤でも控除額が変わります。
30日の月でも31日の月でも、暦日数ではなく企業が定めた労働日数で計算するため、従業員への説明が求められる場面も想定されます。

パターン②：年間平均の月所定労働日数で割る方法

もう一つの方法は、控除対象の月給額を「年間平均の月所定労働日数」で割る方法です。
この計算に用いる分母は、「年間の総所定労働日数÷12ヶ月」で算出します。 この方法の最大のメリットは、月ごとの所定労働日数の変動に左右されず、1年を通じて欠勤1日あたりの控除単価が一定になる点です。 これにより、従業員間の公平性を保ちやすく、給与計算の管理も簡素化されます。 例えば、年間の所定労働日数が246日であれば、月平均は20.5日となり、常にこの日数で割って1日あたりの賃金を算出します。
どちらの方式を採用するにせよ、就業規則にその計算根拠を明記しておくことが重要です。

ステップ3：遅刻や早退をした際の時間単位での計算式

遅刻や早退など、1日に満たない不就労時間に対する控除額は、時間単位で計算します。
まず、ステップ2で算出した「1日あたりの賃金額」を、就業規則で定められた「1日の所定労働時間」で割り、1時間あたりの賃金額を算出します。 例えば、1日あたりの賃金が1万6,000円で所定労働時間が8時間の場合、1時間あたりの賃金は2,000円です。
この金額に、遅刻や早退で実際に労働しなかった時間数を乗じることで、控除額が確定します。 分単位の端数処理については、1分単位で計算する方法が最も正確ですが、運用上、15分や30分単位で切り上げて計算する場合は、就業規則にその旨を明記し、労働者に不利益になりすぎないよう配慮が必要です。

その手当、引かれても大丈夫？欠勤控除の対象範囲

欠勤控除を計算する際、多くの担当者が悩むのが「どこまでを手当の対象に含めるか」という問題です。 基本給だけでなく、様々な名目で支給される諸手当の扱いを明確にしなければ、正しい控除額を算出できません。
控除の対象になる手当と、ならない手当の一般的な考え方を理解し、自社の就業規則と照らし合わせることが、適切な給与計算につながります。

控除の対象になることが多い手当とは

欠勤控除の対象となることが多いのは、労働の対価としての性質が強い手当です。 具体的には、役職手当、職務手当、資格手当、調整手当などが挙げられます。 これらの手当は、従業員の役職や職務内容、保有するスキルに応じて支払われるものであり、出勤して業務を行うことを前提としているため、欠勤した場合には控除の対象とするのが合理的と考えられています。
また、住宅手当や家族手当も、企業の福利厚生的な側面はありますが、賃金の一部として扱われるため、就業規則の定めによっては控除の対象となる場合があります。
いずれにせよ、どの手当を控除対象とするかは、就業規則や賃金規程に明確に記載しておく必要があります。

控除の対象にならないことが多い手当とは

一方で、欠勤控除の対象とならないことが多いのは、労働の対価というよりも実費弁償的な性質を持つ手当です。 その代表例が通勤手当で、これは通勤にかかる費用を補填するものであるため、欠勤控除の計算基礎から除外するのが一般的です。
ただし、1ヶ月分の定期代を支給している場合、欠勤日数に応じて日割りで返還を求めるかどうかも、会社の規定によります。 また、出張手当や慶弔見舞金なども、労働の直接的な対価とは性質が異なるため、控除の対象外とされることがほとんどです。
これらの手当の扱いについても、トラブルを避けるために就業規則で明確に定めておくことが望ましいです。

欠勤控除でトラブルを防ぐために知っておきたい5つの注意点

注意点1：就業規則に控除のルールを具体的に記載する

欠勤控除に関するトラブルを未然に防ぐ最も効果的な方法は、就業規則や賃金規程に控除のルールを具体的かつ明確に記載しておくことです。 労働基準法には控除額の計算方法まで細かく定められていないため、会社のルールが法的根拠となります。
具体的には、「控除の対象となる賃金の範囲（どの手当を含むか）」「欠勤1日あたり、1時間あたりの単価の算出方法」「遅刻や早退の取り扱い」「計算時に生じる端数の処理方法」などを詳細に規定します。
これらのルールが明文化され、従業員に周知されていれば、控除に対する従業員の納得感を得やすくなり、紛争のリスクを大幅に軽減できます。

注意点2：控除後の給与額が最低賃金を下回らないようにする

欠勤控除を適用した結果、従業員の給与が最低賃金を下回ってしまうことのないよう、細心の注意が必要です。 最低賃金は、実際に労働した時間に対して支払われるべき賃金の最低ラインを保障するものです。 そのため、欠勤控除後の給与額を、その月の実労働時間で割った時間単価が、適用される最低賃金額を上回っているかを確認しなければなりません。
特に、月の半分以上を欠勤したケースや、もともとの給与設定が最低賃金に近い従業員の場合、意図せず最低賃金法に抵触する恐れがあります。
給与計算の最終確認段階で、必ずこのチェックを行うプロセスを組み込むことが重要です。

注意点3：残業代は控除「前」の賃金を基に計算する

残業代（時間外労働手当）を計算する際の基礎となる賃金は、欠勤控除を行う「前」の月給額である点に注意が必要です。 労働基準法では、割増賃金の計算基礎から除外できる賃金が限定的に定められており（例：通勤手当、家族手当など）、欠勤控除額はこれに含まれません。
したがって、欠勤があった月でも、残業代の計算に用いる時間単価は、本来の月給から算出された金額を使用する必要があります。 もし欠勤控除後の減額された給与を基に残業代を計算してしまうと、本来支払うべき額よりも少なくなり、賃金未払いとして法的な問題に発展する可能性があるため、厳に慎まなくてはなりません。

注意点4：社会保険料や税金は控除前の給与から算出される

欠勤により給与の手取り額が減少した場合、社会保険料（健康保険料、厚生年金保険料など）や税金（雇用保険料、所得税）の控除額は、欠勤の状況や給与の変動幅によって影響を受けます。 所得税は、欠勤控除後の支給額に対して課税されるため、欠勤控除によって給与が減れば、源泉徴収される所得税額も少なくなります。社会保険料は、原則として毎年1回決定される「標準報酬月額」に基づいて算出されるため、月々の給与変動に直接連動しません。
ただし、長期間の欠勤や大幅な給与の減少により、3ヵ月間の平均報酬が2等級以上変動した場合には、社会保険料の控除額が変わる可能性があります。 そのため、欠勤が多く総支給額が大幅に減った月でも、天引きされる社会保険料が通常通りとなる場合があり、結果として手取り額が著しく少なくなることがあります。
従業員から問い合わせがあった際に、この仕組みを正しく説明できるよう、人事労務担当者は正確に理解しておく必要があります。

注意点5：計算時に生じる1円未満の端数処理を明確にする

1日あたりや1時間あたりの賃金を算出する過程で、1円未満の端数が生じることは少なくありません。 この端数処理については、労働基準法や厚生労働省の通達により一定のルールが定められています。
会社として処理方法のルールを統一し、就業規則に明記しておくことが望ましいです。 処理方法には「四捨五入」「切り捨て」「切り上げ」などがありますが、労働者の不利益にならないように処理するのが原則です。
割増賃金や1か月の賃金支払額において、事務簡便を目的とした例外的な端数処理が認められています。例えば、1時間あたりの賃金額や割増賃金額に1円未満の端数が生じた場合、50銭未満を切り捨て、それ以上を1円に切り上げることが認められています。また、1か月の時間外労働、休日労働、深夜業の各々の時間数の合計に1時間未満の端数がある場合、30分未満を切り捨て、それ以上を1時間に切り上げることも認められています。
一貫したルールを適用することで、給与計算の公平性と透明性を担保できます。

正社員の欠勤控除に関するよくある質問

ここでは、正社員の欠勤控除に関して、実務の現場で頻繁に寄せられる質問とその回答をまとめました。 賞与への影響や、混同されがちな「減給」との違い、年次有給休暇との関係性など、担当者が判断に迷いやすいポイントを解説します。 これらの知識は、従業員への説明責任を果たす上でも役立ちます。

まとめ