freee人事労務の初期設定を正しく行えば、毎月の給与計算・社会保険料の控除・振込データの作成が自動化され、担当者の工数を大幅に削減できます。しかし設定に不備があると、毎月の給与計算にミスが生じ、従業員への支給額や保険料の申告に影響を与えかねません。本記事では、初期設定の手順をSTEP形式でわかりやすく解説し、設定完了後に使えるチェックリストもご用意しました。
この記事の監修
社会保険労務士法人とうかい
社会保険労務士 小栗多喜子
これまで給与計算の部門でマネージャー職を担当。チームメンバーとともに常時顧問先450社以上の業務支援を行ってきた。加えて、chatworkやzoomを介し、労務のお悩み解決を迅速・きめ細やかにフォローアップ。
現在はその経験をいかして、社会保険労務士法人とうかいグループの採用・人材教育など、組織の成長に向けた人づくりを専任で担当。そのほかメディア、外部・内部のセミナー等で、スポットワーカーや社会保険の適用拡大など変わる人事労務の情報について広く発信している。
主な出演メディア
- NHK「あさイチ」
- 中日新聞
- 船井総研のYouTubeチャンネル「Funai online」
社会保険労務士 小栗多喜子のプロフィール紹介はこちら
https://www.tokai-sr.jp/staff/oguri/
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初期設定で必要なもの
作業を始める前に、以下の情報・書類を手元に用意しておくとスムーズです。
会社情報
- 法人番号・社会保険適用事業所番号
- 労働保険番号
- 健康保険組合の名称(協会けんぽか組合健保か)
- 口座情報(給与振込用)

従業員情報
- 雇用契約書(給与額・所定労働時間・雇用形態)
- マイナンバーまたは個人番号通知書
- 扶養控除等申告書(年末調整用)
- 通勤費の算定根拠(定期券代・距離等)
- 給与振込口座
給与体系の情報
- 給与規程・賃金規程
- 現在使用している給与明細の様式(項目一覧)
STEP1:会社基本情報の設定
会社情報の登録
- freee人事労務にログインし、「設定」または「会社設定」メニューを開きます。
- 会社名・所在地・法人番号・代表者名を入力します。
- 事業年度の開始月を確認します(例:4月開始の場合は4を設定)。
社会保険・雇用保険の適用設定
- 健康保険の種類(協会けんぽ/組合健保)と適用都道府県を設定します。愛知県の事業所は愛知支部の料率が適用されます。
- 厚生年金保険の適用設定を行います。
- 労働保険番号(雇用保険適用事業所番号)を入力します。
- 雇用保険の業種コードを確認・設定します(雇用保険料率の計算に使用)。

ポイント: 社会保険の適用都道府県を誤ると健康保険料率が変わります。愛知県内に本社がある場合でも、従業員が他都道府県に勤務する場合は別途確認が必要です。
STEP2:従業員マスタの登録
基本情報の入力
- 「従業員」メニューから「従業員を追加」を選択します。
- 氏名(フルネーム・カナ)・生年月日・性別・住所を入力します。
- マイナンバーを登録します(freeeのマイナンバー管理機能を使用する場合は別途設定が必要)
雇用・給与情報の設定
- 入社年月日・雇用形態(正社員・パート等)・雇用契約期間を入力します。
- 給与形態(月給制・時給制・日給月給制)を選択します。
- 基本給の金額を入力します。
扶養・通勤費の設定
- 配偶者・扶養親族の情報を入力します(所得税の扶養控除に影響します)。
- 通勤費の支給方法(実費精算・定額支給)と金額を設定します。非課税限度額(月15万円)に注意してください。
- 給与振込口座の金融機関コード・支店コード・口座番号を入力します。

STEP3:給与テンプレートの設定
基本給・各種手当の設定
- 「給与テンプレート」または「給与項目」メニューを開きます。
- 現在の給与明細の支給項目を確認し、freeeの項目と対応付けます。
- 基本給
- 残業手当(時間外・深夜・休日)
- 通勤手当
- 家族手当・住宅手当等の各種手当

- 各手当の課税・非課税の区分を正しく設定します(誤ると所得税の計算に影響します)。
控除項目の設定
- 社会保険料(健康保険・厚生年金・介護保険)が自動計算されるよう設定されているか確認します。
- 雇用保険料の控除が設定されているか確認します。
- 所得税・住民税の控除設定を確認します。
- 財形貯蓄・組合費等、会社独自の控除項目があれば追加します。

残業計算の設定
- 所定労働時間・法定労働時間(週40時間/日8時間)を設定します。
- 残業割増率(法定内残業・時間外労働・深夜労働・休日労働)を確認します。
- 変形労働時間制を採用している場合は、別途設定が必要です。
STEP4:社会保険料率・雇用保険料率の確認
毎年4月(健康保険)および4月(雇用保険)に料率が改定されます。freeeが自動更新する場合もありますが、設定値が最新であることを確認してください。

確認すべき料率
| 保険種別 | 確認内容 |
|---|---|
| 健康保険料率 | 愛知支部の最新料率 |
| 介護保険料率 | 年度ごとの改定値 |
| 厚生年金保険料率 | 現行18.3%(労使折半) |
| 雇用保険料率 | 事業の種類別料率 |
注意: 料率の設定ミスは過去月分の給与計算にも影響します。設定変更後は試算で確認してから本番適用することをおすすめします。
設定チェックリスト
初期設定が完了したら、以下の項目を一つひとつ確認してください。
会社情報
- 会社名・所在地・法人番号が正確に登録されている
- 健康保険の種類と適用都道府県(愛知)が正しく設定されている
- 労働保険番号・雇用保険適用事業所番号が登録されている
従業員マスタ
- 全従業員の基本情報(氏名・生年月日・住所)が登録されている
- 雇用形態・給与形態・入社日が正確に入力されている
- 扶養情報が最新の扶養控除等申告書の内容と一致している
- 通勤費の課税・非課税設定が正しい
- 振込口座情報が登録されている

給与テンプレート・計算設定
- 支給項目の課税・非課税区分が正しく設定されている
- 残業手当の計算基礎となる所定労働時間が正しい
- 社会保険料率・雇用保険料率が最新の料率になっている
- 試算給与計算を行い、現在の明細と差異がないことを確認した
よくある質問(FAQ)
Q1. freeeの初期設定はどのくらいの時間がかかりますか?
従業員数や給与体系の複雑さによって異なりますが、10人以下の小規模事業所であれば半日〜1日程度が目安です。ただし、従業員情報の収集(マイナンバー・扶養情報等)や現行給与明細との突合に時間がかかることが多いため、余裕をもって作業開始することをおすすめします。
Q2. 途中から月を切り替えてfreeeに移行することはできますか?
可能ですが、移行月の計算に注意が必要です。社会保険料は月途中入社・退社の場合の取り扱いがあるほか、住民税の特別徴収税額の引継ぎも必要です。年度途中での移行は、社労士や税理士に相談しながら進めることをおすすめします。
Q3. 設定後に保険料率が変わった場合、どう対応すればいいですか?
freeeは料率改定に合わせて自動更新される場合がありますが、必ず設定画面で反映されているかご確認ください。料率改定があった月以降の給与計算に正しい料率が適用されるよう、毎年4月の給与計算前に確認する習慣をつけましょう。
手続きが不安な方はとうかいへ
freeeの初期設定は一度正しく行えば毎月の運用が格段に楽になりますが、設定の複雑さから「うまくできているか不安」という声も多く聞かれます。社会保険労務士法人とうかい(愛知・名古屋)では、freeeの導入支援・初期設定サポートから給与計算代行まで対応しています。
「初期設定を専門家に確認してもらいたい」「設定後の運用方法も教えてほしい」という方は、ぜひとうかいにご相談ください。愛知県・名古屋市周辺の事業所様を中心に、freeeを活用した労務管理の効率化をサポートします。

本記事の内容は執筆時点の情報をもとにしています。freeeの機能・画面仕様は随時アップデートされますので、最新情報はfreeeの公式ヘルプをご確認ください。保険料率は毎年変更される場合があります。